อาคารเพนตากอนเป็นหนึ่งในสถานที่เกิดเหตุวินาศกรรม 11 กันยายน พ.ศ. 2544 โดยผู้ก่อการร้ายได้จี้เครื่องบินของอเมริกันแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 77 พุ่งเข้าชนอาคารเพนตากอนด้านตะวันตก เครื่องบินทะลุเข้าไปถึงชั้นที่ 3 ของอาคาร ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิตมากกว่า 100 คน โชคดีที่อาคารด้านนั้นกำลังอยู่ในช่วงซ่อมแซมพอดี ทำให้เจ้าหน้าที่บางส่วนไม่ได้ทำงานอยู่ในบริเวณนั้น